据说,临刑前,行刑官剪掉了玛丽王后所有的头发,并将头发烧光,以免她的追随者留存保管。在从监狱到达协和广场(当时的名称是革命广场)玛丽王后,只有很短的几公里路程,却被故意拖延而走了一个多小时,以便让围观的人们多往她身上扔些垃圾和石头。玛丽王后给姐姐的遗书中写道,自己马上就要被送上断头台了,但这不可耻,真正颠倒黑白的人才可耻。这一天很快来了。1793年10月16日,玛丽皇后在协和广场被执行死刑。
相传,她不小心踩到了刽子手的脚,赶忙道歉:“Monsieur, je vous demande pardon. Je ne l'ai pas fait exprès.(先生,我请求您的原谅,我不是有意的)”。有评论说,玛丽王后在她一生的最后时刻无意中说的这句话,足以让法国人脸红发烧至今。